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10° BreSci - Brazilian e-Science Workshop

Coordenadoras: Kary Ocaña (LNCC) (geral) e Regina Braga (UFJF) (adjunto)

Coordenador Local: Avelino Francisco Zorzo (PUCRS)

 

Nas últimas décadas, tem havido uma revolução no modo como a ciência e a engenharia têm sido conduzidas, ao se utilizar de forma intensiva as tecnologias de informação e comunicação (TIC). Essa nova forma de realizar a ciência, denominada de e-Science ou e-Ciência, desempenha hoje um papel fundamental na metodologia de trabalho adotada por muitos grupos de pesquisa em todo o mundo.

 

O X BreSci tem como objetivo colaborar com os esforços de e-Science propondo um fórum de discussão sobre temas relevantes dessa área de estudo. Além da trilha principal, que tem um escopo mais amplo e mais relacionado com as TIC, contamos também com uma trilha de aplicações específica para discutir temas relacionados às áreas particulares de aplicação da e-Science, incluindo (mas não sendo restrito a) bioinformática, astronomia, química, e biodiversidade.

 

A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas fim. De outro lado, essa colaboração também propicia às áreas fim uma melhor difusão das soluções elaboradas pela comunidade de computação.

 

PALESTRA

 

Título

Dados de Proveniência: não comece sua análise sem eles

 

Palestrante Convidada

Profa. Marta Lima de Queirós Mattoso - COPPE/UFRJ

 

Resumo

O BreSci faz 10 dez anos!!! Seu fórum de apresentação de artigos de apoio computacional ao desenvolvimento da ciência é a própria tradução do tema do CSBC 2016: #Computação e Interdisciplinaridade.

 

Nesta palestra apresentaremos uma evolução do papel da proveniência em experimentos científicos. Dados de proveniência registram como o de fluxo de dados resultante das simulações computacionais foi produzido, o que é essencial para se fazer um experimento reprodutível e confiável. Daremos ênfase ao encadeamento de transformações de dados científicos abordando soluções para: geração, rastreamento, adaptação e análise de dados. Mais especificamente, serão discutidos os desafios em prover dados que apoiem o cientista na concepção e reconfiguração do experimento durante a sua condução em ambientes de alto desempenho computacional. Serão apresentados casos reais de aplicações em bioinformática com execução paralela em nuvens e aplicações em geofísica em supercomputadores.

 

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PROGRAMAÇÃO

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DATAS IMPORTANTES

  • Prazo final para a submissão de trabalhos: 11-abril-2016

  • Notificação preliminar de aceitação com sugestão de correções: 04- maio-2016

  • Prazo para entrega da versão final: 20-maio-2016

  • X BreSci: 06 e 07 de Julho de 2016


  * Serão incluídos na programação definitiva e publicados apenas os trabalhos com versão final entregue, pelo menos um coautor já inscrito no evento e com termo de cessão de direitos à SBC devidamente assinado.

 

 

TÓPICOS DE INTERESSE

As atividades no workshop compreendem a apresentação de trabalhos completos, trabalhos em andamento, resumos, além de palestras convidadas, distribuídas ao longo de dois dias dentro da programação do CSBC. Os tópicos de interesse do X BreSci incluem (mas não estão limitados a) os listados abaixo:

 

Trilha Principal

  • Infraestrutura para aplicações de e-Ciência (p.ex. redes de alta velocidade)

  • Computação em nuvem para e-Ciência

  • Grades computacionais para e-Ciência

  • Gerência de workflows científicos

  • Ontologias e bancos de dados para e-Ciência

  • Modelos de dados para dados científicos

  • Proveniência de dados e processos

  • Modelos e técnicas para ciência colaborativa

  • Gerência de acesso a dados científicos

  • Técnicas de paralelismo de dados em e-Ciência (p.ex. MapReduce, BSP)

  • Organizações virtuais para e-Ciência

  • Arquiteturas orientadas a serviços

  • Web semântica para e-Ciência

  • Sistemas autonômicos e auto-organizados para e-Ciência

  • Tecnologias habilitadoras de e-Ciência

  • Ambientes de experimentação para e-Ciência

  • Processos de experimentação para e-Ciência em larga escala

  • Gestão de conhecimento aplicada a e-Ciência em larga escala

  • Crowdsourcing e ciência cidadã

  • Ecosistemas de sofware para e-Ciência

 

Trilha de Aplicações

 

Bioinformática

  • Genômica comparativa, evolutiva e funcional

  • Metagenômica, transcriptômica, metabolômica, proteômica e filogenômica

  • Gerência de dados de bioinformática e mineração de dados

  • Serviços Web para bioinformática

  • Desenvolvimento de bancos de dados, algoritmos e ferramentas computacionais para bioinformática

  • Reconhecimento de padrões, agrupamento e classificação

  • Modelagem e ancoragem molecular, estudos de cristalografia e desenho de drogas

  • Bioinformática aplicada à saúde pública

  • Bioinformática estrutural, genômica computacional e outras áreas afins

 

Astronomia

  • Arquiteturas avançadas para a computação astronômica

  • Ambientes para análise da população estelar

  • Ferramentas para redes de colaboração em astronomia

  • Algoritmos avançados para processamento de dados astronômicos

  • Fotometria Panorâmica na era dos PB

  • Workflows para a exploração de conjuntos de dados astronômicos

  • Métodos de mineração de dados em astronomia

  • Armazenamento e visualização de simulações cosmológicas

  • Gerência de dados de astronomia

  • Processamento de consulta sobre grandes bancos de dados de astronomia

  • Tratamento para o casamento de catálogos astronômicos

 

Química

  • Química computacional

  • Química teórica

  • Mecânica estatística

  • Mecânica molecular

  • Modelagem molecular

  • Simulação molecular

  • Cálculo de estrutura eletrônica

  • Armazenamento e visualização de dados em química

 

Biodiversidade

  • Integração de dados de biodiversidade e ambientais

  • Modelagem de nichos ecológicos e ambientais

  • Qualidade de dados de biodiversidade

  • Padrões de dados e metadados para biodiversidade e meio ambiente

  • Workflows científicos e serviços Web para biodiversidade

  • Sistemas de informação geográficos para biodiversidade

  • Web semântica e ontologia na biodiversidade e meio ambiente

  • Ferramentas para digitalização e mobilização de dados de biodiversidade

 

SUBMISSÕES

Serão aceitas submissões nos seguintes formatos: artigos técnicos completos para a trilha principal e artigos resumidos para a trilha de aplicações, escritos tanto em inglês quanto em português. Artigos completos não devem exceder oito (8) páginas e artigos resumidos quatro (4) páginas. O formato dos artigos será o da SBC.

 

As submissões serão realizadas via o sistema de submissões da SBC (JEMS) . Todas as submissões serão revisadas de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, originalidade e clareza. Artigos que descrevam trabalhos preliminares e em andamento também poderão ser submetidos. Resultados são desejáveis, mas não necessários. Os artigos (tanto da trilha principal quanto da trilha de aplicações) devem possuir uma seção descrevendo trabalhos relacionados. Os artigos serão revisados por pares, e os selecionados serão publicados nos anais do evento, devendo ser apresentados em sessões técnicas durante o workshop.

 

Coordenação do Workshop

 

Coordenação Local

 

Comitê Diretivo

  • Kary Ocaña – LNCC (co-chair 2016)

  • Regina Maciel Braga – UFJF (co-chair 2016)

  • Luiz M. R. Gadelha Jr. – LNCC (co-chair 2015)

  • Sergio Manuel Serra da Cruz – UFRRJ (co-chair 2015)

  • Antônio Tadeu A. Gomes – LNCC (co-chair 2014)

  • Francisco Brasileiro – UFCG (co-chair 2013)

 

COMITÊ DE PROGRAMA (em formação)

  • Alberto Krone-Martins (Universidade de Lisboa)

  • Alcione Oliveira (UFV)

  • Alexandre Lima (COPPE/UFRJ)

  • Ana Maria de Carvalho Moura (LNCC)

  • Andrey Brito (UFCG)

  • Antônio Basilio (FIOCRUZ)

  • Antonio Saraiva (USP)

  • Antônio Tadeu Azevedo Gomes (LNCC)

  • Bruno Schulze (LNCC)

  • Carla Osthoff (LNCC)

  • Carolina Guimarães (FIOCRUZ)

  • Cristina Boeres (UFF)

  • Daniel de Oliveira (UFF)

  • Debora Drucker (EMBRAPA)

  • Diogo Tschoeke (UFRJ)

  • Duncan Ruiz (PUC-RS)

  • Eduardo Bezerra (CEFET/RJ)

  • Eduardo Dalcin (Inst. Pesq. Jardim Botânico)

  • Eduardo Ogasawara (CEFET/RJ)

  • Esther Pacitti (INRIA & LIRMM)

  • Fabiano Thompson (UFRJ)

  • Fábio Custódio (LNCC)

  • Fabio Andre Porto (LNCC)

  • Fernanda Baião (UNIRIO)

  • Fernanda Campos (UFJF)

  • Francisco Brasileiro (UFCG)

  • Gilberto Z. Pastorello (Universidade de Alberta)

  • Glauber Wagner (UFSC)

  • Guilherme Loss (LNCC)

  • Hubert Stassen (UFRGS)

  • J. Miguel Ortega (ICB-UFMG)

  • Joao Setubal (USP)

  • João Eduardo Ferreira (IME/USP)

  • Jonas Dias (EMC Corporation)

  • José Antonio Macêdo (UFC)

  • José Maria David (UFJF)

  • Kaline Coutinho (USP)

  • Kary Ocaña (LNCC), co-chair

  • Kele Belloze (CEFET/RJ)

  • Laurent Dardenne (LNCC)

  • Leonardo Azevedo (IBM/UNIRIO)

  • Leonardo Murta (UFF)

  • Lucia Drummond (UFF)

  • Luciano Digiampietri (USP)

  • Luiz M. R. Gadelha Jr. (LNCC)

  • Marcelo de Macedo Brígido (UnB)

  • Marcia Chame (FIOCRUZ)

  • Marco Antônio Pereira Araújo (UFJF)

  • Marcos Catanho (FIOCRUZ)

  • Maria Claudia Cavalcanti (IME/RJ)

  • Maria Emilia Walter (UnB)

  • Marinez F. de Siqueira (JBRJ)

  • Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)

  • Pedro Correa (USP)

  • Rafael Loyola (UFG)

  • Rafaelli Coutinho (CEFET/RJ)

  • Regina Braga (UFJF), co-chair

  • Reinaldo de Carvalho (INPE)

  • Ricardo Ogando (ON-MCTI & LIneA)

  • Ricardo Torres (Unicamp)

  • Rita de Almeida (UFRGS)

  • Ronaldo Goldschmidt (IME)

  • Sandra Fabbri (UFSCar)

  • Sergio Lifschitz (PUC-Rio)

  • Sergio Manuel Serra da Cruz (UFRRJ)

  • Silvia Olabarriaga (University of Amsterdam)

  • Tainá Raiol Alencar (FIOCRUZ)

  • Vanessa Braganholo (UFF)

  • Victor Stroelle (UFJF)

  • Wagner Arbex (EMBRAPA)

  • Vinod Rebello (UFF)

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